Bergoglio heeft de Portugese priester en voormalig vicerector van de Katholieke Universiteit van Lissabon, José Tolentino Mendonça, tot bisschop gewijd en aangesteld als hoofd van de Vaticaanse Geheime Archieven en de Vaticaanse Bibliotheek, een post die hij in september op zich zal nemen. Via dit ambt zal hij zich naar eigen zeggen inzetten voor de dialoog tussen de Kerk en cultuur. Mendonça is iemand die zich associeert met de dissidente Spaanse pro-abortus-non Teresa Forcades, en zich actief inzet voor de LHBT-kwestie. 

Mendonça zei dat zijn aanduiding heel zeker is om hem in de nabijheid te brengen van Bergoglio’s boodschap, “zijn programma voor de Kerk van onze tijd.” José Tolentino Mendonça is één van de vele theologen in de rij die nauwe banden hebben met het homoseksuele pleidooi. Andere bekenden zijn o.a. Antonio Spadaro, James Martin, Thomas Rosica,… Mendonça heeft zichzelf nauw geassocieerd met Teresa Forcades, een Spaanse non die bekend is geworden om haar bewering dat het homohuwelijk legaal zou moeten worden, en dat abortus zou moeten toegelaten worden als deel van het recht op “zelfbeschikking”.

In de jaren 2010 en daarna werkte Mendonça in een Katholiek LHBT-ministerie dat zich inzette voor homoseksuelen die de “homo-identiteit” omarmden, maar alleen gelaten werden op gebied van spirituele begeleiding. Betreffende dit ministerie, vertelde Mendonça aan het Portugese blad Publico in 2010 dat “de Kerk geen plaats van volheid is, het is een plaats van zoeken,” en dat de Kerk een algemene weg is, “niet vrij van onvolmaaktheden, en open tot een soort progressiviteit.” Het blad leek aan te geven dat de leden van die groep zich bleven betrekken in homoseksuele daden.

Mendonça werd dit jaar door Bergoglio uitgenodigd om de Vastenretraite te prediken. Naderhand bedankte Bergoglio Mendonça voor het tonen “hoe de Heilige Geest werkt in niet-gelovigen, in heidenen, in mensen van andere religieuze geloofsovertuigingen”, en “dat de Heilige Geest universeel is,” voor iedereen. “Danku voor deze roep om onszelf te openen, zonder angst, zonder rigiditeit, om plooibaar te zijn voor de Geest en niet gemummificeerd te zijn in onze structuren die ons insluiten,” aldus Bergoglio.

In 2016 gaf Mendonça de Katholieken, en in het bijzonder de Kardinalen een veeg uit de pan die Bergoglio’s afwijkingen van de traditionele Katholieke leer hadden bekritiseerd. Hij verwierp hun “traditionalisme” en zei dat dit ingaat “tegen de traditie.” Mendonça volgt ook de lijn van de dissidente zuster Forcades die beweert dat Jezus ons geen regels gaf. “Jezus leefde, hij construeerde een sfeer van relatie en uitte de poëzie van zijn boodschap in de zichtbaarheid van zijn vlees, zijn eigen lichaam uitend als uitgangspunt.”

Eén voor één worden alle werknemers of ambtenaren in het Vaticaan vervangen door mensen die de linkse agenda van Jorge Mario Bergoglio steunen.